Mesinnya juga mendapatkan perubahan, spesifikasi baru sudah memenuhi regulasi emisi Eropa Euro 5+.
Menggunakan mesin inline-twin 321 cc yang menghasilkan tenaga 42 Hp namun dengan sedikit pengurangan torsi.
Fitur terbaru lainnya yaitu ada penambahan fitur konektivitas smartphone melalui aplikasi Y-Connect, sistem Assist and Slipper Clutch, serta tambahan fitur rem ABS yang jadi standar pabrik.
Yamaha Motor UK telah mengumumkan warna baru untuk MT-03 2025, yang akan menampilkan Ice Storm sebagai warna baru tahun ini.
Warna terbaru ini akan tersedia bersama warna asli Icon Blue dan Midnight Black dari model 2024, dengan harga 6.250 Poundsterling atau setara Rp126 jutaan.
