Kualifikasi berlanjut dengan sesi Q2, kali ini persaingan antar pembalap akan semakin sengit demi posisi grid terdepan.
Hujan turun semakin deras di Motegi, terlihat para penonton mulai mengenakan mantel atau payung. Namun tak mematahkan semangat Marquez untuk mengejar Brad Binder yang sementara memimpin.
Di belakangnya terdapat Jorge Martin dan Pedro Acosta berlomba meraih catatan waktu terbaik demi merebut posisi ketiga.
Masuk ke menit 7 terakhir, Marquez mampu memimpin di posisi pertama dengan catatan waktu 1 menit 45.744 detik. Di belakangnya Acosta juga berhasil merebut posisi kedua.
Francesco Bagnaia tampak tak mau mengambil risiko, ia kembali ke pit untuk mengganti ban baru demi memperbaiki catatan waktunya.
