Model pertama MT-09 dikatakan merupakan perpaduan antara supermotard dan road sport. Namun MT-09 baru, memiliki bodywork dan posisi berkendara baru yang terinspirasi oleh sepeda motorcross seri YZ Yamaha.
Posisi stang diturunkan kurang lebih 34mm, dan posisi pijakan kaki juga diubah sehingga membuat posisi berkendara lebih cocok untuk sport jalanan. Penggunaan kursi depan dan belakang yang terpisah meningkatkan kebebasan pergerakan beban dan pijakan. Bersamaan dengan itu, rangka belakang juga mengalami perubahan.
Tangki bahan bakar menggunakan metode manufaktur baru untuk menciptakan bentuk yang edgy, dan permukaan atas yang datar meningkatkan kenyamanan pengendara. Di depannya terdapat saluran udara baru bernama “Acoustic Amplifier Grille”. Yamaha menyebutkan, itu memungkinkan pengendara mendengar harmoni suara masuk.
Selain itu, dengan membuatnya lebih ramping dengan tetap menjaga kapasitas, sudut putaran stang ditingkatkan sebesar 4 derajat di setiap sisinya. Sakelar stang dan kaca spion juga baru, dan master silinder rem depan kini menjadi piston radial Brembo.
Lalu terdapat layar TFT Full-Color berukuran 5 inci dengan konektivitas ponsel cerdas, Juga dapat menggunakan layar navigasi melalui aplikasi gratis Garmin. Soket USB Type C terletak di bawah jok, cruise control sebagai perlengkapan standar.