Museum ini dibuka sejak 1998 dikelola oleh MobilityLand, anak perusahaan Honda yang juga menyediakan layanan tour virtual 360. Masuk ke museum in gratis namun pengunjung tinggal membayar tiket masuk ke kawasan sirkuit Motegi kurang lebih 1000 yen. Pembangunan museum ini merupakan tanggapan atas upaya perusahaan untuk menunjukkan cikal bakal Honda dan menggunakan teknologi dan mobilitas untuk meningkatkan kesejahteraan masyarakat.
Asal-usul Honda berasal dari tahun 1940-an ketika Soichiro pertama kali memasang mesin dari generator yang digunakan untuk pemancar radio ke sepeda istrinya untuk memudahkan perjalanan belanja hariannya. Pada tahun 1964 ia mengembangkan idenya lebih lanjut dan mulai menjual mesin dengan tangki bahan bakar, akselerator, kabel kawat, dan suku cadang lainnya agar sesuai dengan sepeda apa pun. Mesin ini kemudian dikenal sebagai Mesin Sepeda Honda; dua tahun kemudian, pada tahun 1948, ia mendirikan Honda Motor Company.
